Quando se exclui um arquivo do computador ele vai para a lixeira, mas você pode configurar para que o Nautilus possa apagar um arquivo sem passar pela lixeira.

Primeiro selecione no menu Editar e item Preferências:

Nautilus Menu Editar

Logo abrirá uma janela com o título: Preferência de Gerenciamento de Arquivos:

Nautilus Janela Preferencias

Deixe ativado Incluir um comando Excluir que não usa a Lixeira, desta forma quando você clicar em um arquivo com o botão direito aparecerá abaixo de Mover para a Lixeira o comando Excluir:

Nautilus click botão direito